לבנייה ירוקה השפעה ברורה ומוכחת על בריאותם של המשתמשים במבנה. מטרתה של הבנייה הירוקה היא לא רק לדאוג לסביבה אלא לדאוג לאדם, לנוחותו ולבריאותו. מבנים ירוקים נהנים ממאפיינים שונים שלהם השפעה חיובית על בריאותו ומצב רוחו של המשתמש ולהלן נציין כמה מהם:
אחד הגורמים המשמעותיים המשפיעים על בריאותם של המשתמשים במבנה הוא היקף הפליטה של רעלים מחומרי הבנייה לחלל הפנימי של המבנה. התקן לבנייה ירוקה מעודד את השימוש בחומרים שאינם פולטים תרכובות אורגניות נדיפות או קרינה מסוכנת, הם ידידותיים לאדם ואינם פוגעים בבריאותו.
מבנה ירוק מאופיין באוורור איכותי ובתחלופת אוויר יעילה הגורמת לתחושה נעימה ומצמצמת את הצורך בקירור בקיץ. אלה נעשים באמצעות תכנון נכון של המבנה, למשל על ידי מיקום החלונות בהתאם לכיווני הרוח או על ידי ניצול הפרשי הלחצים בין אזורים שונים בבניין. במבנים שאספקת האוויר שלהם מגיעה ממערכת המיזוג המרכזית בלבד, קיים פוטנציאל להגיע לאחוזי חמצן ואיכות אוויר נמוכים. מבנה ירוק מאופיין בתכנון של מערכת המיזוג באופן ששאיבת האוויר תהייה ממקור נקי, שתהיה הפרדה בין פתח היניקה לפתח הפליטה של האוויר, ושייעשה שימוש בפילטרים לסינון של האוויר.
היבט "ירוק" נוסף הוא ניצול מרבי של אור טבעי אשר ידוע כבעל השלכות חיוביות על הבריאות ועל מצב הרוח. בהקשר זה למשל, ישנה חשיבות לקיומם של חלונות בכל החדרים בשני קירות שונים לפחות, ולתכנון של פתרונות הצללה מתאימים למניעת חימום יתר בקיץ. דגשים נוספים ניתנים לנושאים כגון מניעה של רעש, שימוש ברהיטים שאינם פולטים רעלים, בחירה במערכת הסקה שרמת פליטות הפחמן שלה נמוכות ועוד.
החשיבות המיוחסת לנושא הבריאות בבנייה הירוקה מקבלת ביטוי משמעותי בתקן הישראלי לבנייה ירוקה אשר מייחד לנושא זה פרק משלו. משקל פרק הבריאות והרווחה בתקן הישראלי לבנייה ירוקה נע בין 10% מהניקוד הכללי עבור מבני מגורים והתקהלות ציבורית, ועד 19% מהניקוד הכללי עבור מבני חינוך. התקן מתייחס לנושאים כגון: תכנון ביו-אקלימי של הרוח, אוורור, הספקת אוויר צח ממקור נקי, איכות האוויר במבנה, שליטה ברמת המשתמש של הטמפרטורה והתאורה, ניצול תאורה טבעית, מניעת סנוור, איכות אקוסטית, צמצום קרינה אלקטרומגנטית וצמצום פליטות תחמוצת חנקן.